Wanneer een SEPA-incasso transactie mislukt of een consument de transactie storneert, kan het zijn dat de bank van de consument Mollie hiervoor extra kosten in rekening brengt. Deze kosten, van € 4,50, zal Mollie aan jou doorberekenen. Dit zal niet het geval zijn voor elke mislukte transactie of stornering, maar is afhankelijk van de bank van de consument. Wel is er geconstateerd dat Nederlandse en Belgische banken dit niet doen. De extra kosten worden bovenop de normale tarieven van mislukte transacties (€ 0,25) en storneringen (€ 7,50) gerekend.

Doordat het afhankelijk is van de bank van de consument, is het vooraf niet geheel duidelijk wanneer deze kosten in rekening zullen worden gebracht. Dit betekent dat je de extra kosten pas ziet wanneer je de factuur ontvangt.